莫衷一是。有时尚未开工，争执已起。所以中枢虽不直接领导工程的设计和进行，但是它所采取的立场，却必然对全盘形势产生决定性的影响。如果一个总理河道的御史执行他的规划尚未及半，突然被参免职，而他的继任者又采取完全相反的主张办事，则百万生灵，就可能牺牲在这种官僚政治之下。
首辅申时行所赏识的治河专家是潘季驯。这位专家提倡“河道紧缩说”。黄河所以为害，原因是河沙淤集，河道不通。对于这一点专家们都无异说，但在解决的方案上则有截然不同的主张。有人建议加宽河道，他们认为河道宽则水流畅。潘季驯则以为河道宽则流速小，流速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。他主张，应该选择重要的地段把河道收紧，同时把附近的清水河流用人工疏凿引入黄河，以增加黄河的流速，照这样的办法，可以不需要经常疏浚而可以“自浚”。“建堤束水，以水攻沙”，就是他归纳上述方针而概括成的八字箴言。他又建议，河堤不能几十里、几百里相连不绝，应该预先在河水汹涌的地方留出缺口，而在缺口之后筑成第二、第三道的“遥堤”，和第一线的河堤之间构成“含水湖”。大量河水在缺处突破第一线，流至遥堤，流速已经降低而储蓄在这些人工含水湖中，就不致扩大其危害。
在河堤合龙和迫使河水改道的工程中，潘季驯使用“柳辊”作为有力的工具。这种柳辊通常长150尺，圆周20尺，制作的方法是先用植物和泥土像织地毯一样构成长块，再用大树和绳索造成中心卷架，然后把这块“地毯”卷在架上，用大树枝和大绳索四周拥紧。这一用泥土、树枝制造的大圆柱体遇水可以膨胀，因而不致被急流冲走。每一柳辊由成百上千的民工拖运到选定的地点，当地尚有上装大石块的舢板，早已准备停当。柳辊就位，舢板凿沉。随着一声号令，大批的民工，把他们已经摆在肩上的泥土以最快的速度堆放在这仓碎抢护而成的土堤上。待到决口堵塞，再逐步把堤坝加固。很多地段日后还加砌花岗石，远望一线白色，颇为美观。
对这样规模浩大的工程，中央政府无力支付所有的费用。通常发给的款项，仅能在初步设计时作筹组全局的办公费。兹后总理河道的御史被派为当地的总督，有的还带有尚书、侍郎的头衔，以便于他在许多府县征用人力物力。所有的民夫、工具、粮食、医药和交通、通讯等等都要就地通盘筹措。所以，这一位总理河工的大臣除了工程经验之外，还必须要具有操行无可疵议的记录，这才能深孚众望，动员这许多府县的地方官，指挥如意。
潘季驯过去治河多年，无论经验或者声望都符合上述条件。他在1584年已官至刑部尚书，当时为了代张居正的家属求情，触犯圣怒，因而被革职为民。1587年黄河几处决堤，开始的时候委派了一个没有多大声名的官员采取了若干紧急处置。1588年，在讨论总理河道大臣一职人选的时候，潘季驯的名字有人提到，但没有人敢向皇帝作坚决请求。正好这时候皇帝自己提出这一职务应当由“老成才望”的人充任，所以申时行才示意给事中荐举起复潘季驯，事情得以顺利通过。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中插进了“皇上留意河道，拔用旧人，一时在任，皆称谙练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之出任“总督河道兼理军务”一职，也就等于出自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。
在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。
1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学士讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。
申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570－1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部落首领也分别给予不同的名义。
俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿子黄吉台尚能维持现状，到了孙子扯力克，就已经没有约束各部落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失兔和火落赤两部，尤其不受节制，经常向西南方向骚扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”，即抢劫这一带的回、藏诸部，而并非侵犯天朝。这种做法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。
1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时拔箭射中了这位莽汉，致使他第二天创发身死。于是军中群情激愤，坚决要为他报仇。洮泯副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，出兵作战。顺义王扯力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洮河，入临巩。情势如箭在弦上，一触即发。
然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信扯力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事件，确实暴露了本朝的弱点，增加了蒙古人的野心。但补救的办法不在于发动战争而在于巩固内部的力量。如果边防军的空额都已补足，各边镇的仓库充实，以游牧民族耳目之灵通，他们是断乎不敢轻易挑衅的。如果边防的情况依然故我而本朝与蒙古人贸然交兵，纵使在局部地区取得胜利，这联绵几千里的边防线，终归是要被对方冲破的。说到底，即使本朝的军队获捷一百次，也不能宣布占领了大沙漠；而对方取得一次决定性的胜利，则可以使本朝彻底垮台。
这一次处理边境危机的经过，更清楚地阐释了我们帝国的特质，从此中看出：军事机构受文官控制不是没有理由的。边防需要作出全面计划和长久打算，动员的程度则既不可过低也不可过高。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢凡事过问。因之皇帝的领导多少带有抽象性，应当集中全力鼓舞臣工，而不必在每时每事上加以处处干预。然则在紧要关头，皇帝左右全局决定和战的领导力量，却又千万不能等闲视之。就在这燥热的1590年夏天，申时行因为有了万历皇帝的支持，终于避免了一场以国运为赌注的战争。这使他更进一步地体会到了本朝传统的优越性：让年轻的太子受傅于翰林学士，实在是高瞻远瞩。日后太子登极，翰林学士也被擢升，初为内阁中的副手，再遇机缘遂成首辅，这不仅保持了中枢人事的连续性，而且凭着老师和学生的亲切关系，可以使许多棘手的事情轻易而圆满地得到解决。
首辅和万历在1590年阳历8月25日的谈话，是记录中的最后一次。表面上看来，师生君臣间的讨论似乎散漫无重点，而实际上申时行以极为谦卑的语调，达到了当面禀奏的目的。磋商的结果，所有的总督巡抚都供职如故，没有人因为这次边境出事而被撤职或受到其他处罚，这表明皇帝对边区各地方官的信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已20年仍然有效，不因局部冲突而废止。首辅又提出，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两部特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全部战略处置。这次在御前的谈话既经送交午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置喙。因之磨拳擦掌的主战派乃不得不稍事收敛。（详附录一）
4天之后，原来掌管京军训练、带有兵部尚书衔的郑雒被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁马大举内犯的可能性也没有成为现实。1591年初，郑雒乘卜失兔企图与火落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批牛羊和其他给养，同时又按照申时行“清野”的指示，让青海的很多回藏部落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。扯力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各处作小规模的交锋，但是，合并长城以外各部并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。
首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的处理是否全部合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师出不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此是后话，也不在本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫努尔哈赤。若干年之后，他的庙号则为清太祖。
很多历史学家没有提到申时行和扯力克之间的这段纠葛，更想不到他和下一个王朝的创业人还有过这一段因缘。在历史学家看来，申时行一生做官执政的最大功罪都应以万历年间的立储问题为始终。
多数文官对申时行深感不满。最初万历皇帝起下了废长立幼的念头，就已经是不德不义了。申时行身居首辅，他自应以去职力争，不得已就应当以生死力争。他是第一个可以在御前说话的人。如果采取了这样坚决的态度，即使因此而去职甚至牺牲，他的继任者也会不得不仿效他的做法，加上廷臣的舆论又是如此一致，皇帝就会被迫接受公议，以后的僵局也就不会发生了。
作这样评论的人完全忽略了申时行的性格和他的处世方针。正由于态度温和，申时行才获得皇帝的信任并建立了亲切的关系。多年来，这位首辅正是巧妙地利用这种关系，促使皇帝的一举一动接近于文官集团的期望。天子既要使用他人间的绝对权威而又不能掺进他个人的爱憎，这本来就不容易恰到好处，而要申时行采取硬性办法督促，事实上也是无法做到的。
指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无根据的。官方记录所载，还在常洵刚刚出生的时候，他就曾呈请皇帝早立常洛为太子。在问题刚刚露头的时候就以明确的方式提了出来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。
立储问题会成为万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预感。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文壁在御前接受了象征权力的“节”，在礼官乐师的簇拥之中向右顺门进发。主管的宦官在门口恭迎。他们两人以在严稳重的态度把“节”、金印以及制册交付给宦官，然后再由宦官捧入宫中授与贵妃本人。这一套安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼既由朝廷中最高的文武官员主持，则被封的郑氏已非仅闺房之宠幸而实为国家机构中的一个正式成员。连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那么来日她的儿子常洵可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。
但是万历皇帝却坚决地否认这种关系。他说册妃与立储是两不相干的事。申时行在册妃之日，曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜宠，秦台早得仙，今朝被李赋，参和《小星》篇。”他深感天子虽为天子，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系（详附录二），申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有肉的“人”，也有他理智和感情的交战。关于立储一事，申时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主意，他的皇上兼学生不是一个没有理智的人，假以时日，他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他
首辅申时行所赏识的治河专家是潘季驯。这位专家提倡“河道紧缩说”。黄河所以为害，原因是河沙淤集，河道不通。对于这一点专家们都无异说，但在解决的方案上则有截然不同的主张。有人建议加宽河道，他们认为河道宽则水流畅。潘季驯则以为河道宽则流速小，流速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。他主张，应该选择重要的地段把河道收紧，同时把附近的清水河流用人工疏凿引入黄河，以增加黄河的流速，照这样的办法，可以不需要经常疏浚而可以“自浚”。“建堤束水，以水攻沙”，就是他归纳上述方针而概括成的八字箴言。他又建议，河堤不能几十里、几百里相连不绝，应该预先在河水汹涌的地方留出缺口，而在缺口之后筑成第二、第三道的“遥堤”，和第一线的河堤之间构成“含水湖”。大量河水在缺处突破第一线，流至遥堤，流速已经降低而储蓄在这些人工含水湖中，就不致扩大其危害。
在河堤合龙和迫使河水改道的工程中，潘季驯使用“柳辊”作为有力的工具。这种柳辊通常长150尺，圆周20尺，制作的方法是先用植物和泥土像织地毯一样构成长块，再用大树和绳索造成中心卷架，然后把这块“地毯”卷在架上，用大树枝和大绳索四周拥紧。这一用泥土、树枝制造的大圆柱体遇水可以膨胀，因而不致被急流冲走。每一柳辊由成百上千的民工拖运到选定的地点，当地尚有上装大石块的舢板，早已准备停当。柳辊就位，舢板凿沉。随着一声号令，大批的民工，把他们已经摆在肩上的泥土以最快的速度堆放在这仓碎抢护而成的土堤上。待到决口堵塞，再逐步把堤坝加固。很多地段日后还加砌花岗石，远望一线白色，颇为美观。
对这样规模浩大的工程，中央政府无力支付所有的费用。通常发给的款项，仅能在初步设计时作筹组全局的办公费。兹后总理河道的御史被派为当地的总督，有的还带有尚书、侍郎的头衔，以便于他在许多府县征用人力物力。所有的民夫、工具、粮食、医药和交通、通讯等等都要就地通盘筹措。所以，这一位总理河工的大臣除了工程经验之外，还必须要具有操行无可疵议的记录，这才能深孚众望，动员这许多府县的地方官，指挥如意。
潘季驯过去治河多年，无论经验或者声望都符合上述条件。他在1584年已官至刑部尚书，当时为了代张居正的家属求情，触犯圣怒，因而被革职为民。1587年黄河几处决堤，开始的时候委派了一个没有多大声名的官员采取了若干紧急处置。1588年，在讨论总理河道大臣一职人选的时候，潘季驯的名字有人提到，但没有人敢向皇帝作坚决请求。正好这时候皇帝自己提出这一职务应当由“老成才望”的人充任，所以申时行才示意给事中荐举起复潘季驯，事情得以顺利通过。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中插进了“皇上留意河道，拔用旧人，一时在任，皆称谙练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之出任“总督河道兼理军务”一职，也就等于出自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。
在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。
1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学士讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。
申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570－1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部落首领也分别给予不同的名义。
俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿子黄吉台尚能维持现状，到了孙子扯力克，就已经没有约束各部落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失兔和火落赤两部，尤其不受节制，经常向西南方向骚扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”，即抢劫这一带的回、藏诸部，而并非侵犯天朝。这种做法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。
1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时拔箭射中了这位莽汉，致使他第二天创发身死。于是军中群情激愤，坚决要为他报仇。洮泯副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，出兵作战。顺义王扯力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洮河，入临巩。情势如箭在弦上，一触即发。
然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信扯力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事件，确实暴露了本朝的弱点，增加了蒙古人的野心。但补救的办法不在于发动战争而在于巩固内部的力量。如果边防军的空额都已补足，各边镇的仓库充实，以游牧民族耳目之灵通，他们是断乎不敢轻易挑衅的。如果边防的情况依然故我而本朝与蒙古人贸然交兵，纵使在局部地区取得胜利，这联绵几千里的边防线，终归是要被对方冲破的。说到底，即使本朝的军队获捷一百次，也不能宣布占领了大沙漠；而对方取得一次决定性的胜利，则可以使本朝彻底垮台。
这一次处理边境危机的经过，更清楚地阐释了我们帝国的特质，从此中看出：军事机构受文官控制不是没有理由的。边防需要作出全面计划和长久打算，动员的程度则既不可过低也不可过高。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢凡事过问。因之皇帝的领导多少带有抽象性，应当集中全力鼓舞臣工，而不必在每时每事上加以处处干预。然则在紧要关头，皇帝左右全局决定和战的领导力量，却又千万不能等闲视之。就在这燥热的1590年夏天，申时行因为有了万历皇帝的支持，终于避免了一场以国运为赌注的战争。这使他更进一步地体会到了本朝传统的优越性：让年轻的太子受傅于翰林学士，实在是高瞻远瞩。日后太子登极，翰林学士也被擢升，初为内阁中的副手，再遇机缘遂成首辅，这不仅保持了中枢人事的连续性，而且凭着老师和学生的亲切关系，可以使许多棘手的事情轻易而圆满地得到解决。
首辅和万历在1590年阳历8月25日的谈话，是记录中的最后一次。表面上看来，师生君臣间的讨论似乎散漫无重点，而实际上申时行以极为谦卑的语调，达到了当面禀奏的目的。磋商的结果，所有的总督巡抚都供职如故，没有人因为这次边境出事而被撤职或受到其他处罚，这表明皇帝对边区各地方官的信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已20年仍然有效，不因局部冲突而废止。首辅又提出，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两部特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全部战略处置。这次在御前的谈话既经送交午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置喙。因之磨拳擦掌的主战派乃不得不稍事收敛。（详附录一）
4天之后，原来掌管京军训练、带有兵部尚书衔的郑雒被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁马大举内犯的可能性也没有成为现实。1591年初，郑雒乘卜失兔企图与火落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批牛羊和其他给养，同时又按照申时行“清野”的指示，让青海的很多回藏部落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。扯力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各处作小规模的交锋，但是，合并长城以外各部并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。
首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的处理是否全部合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师出不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此是后话，也不在本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫努尔哈赤。若干年之后，他的庙号则为清太祖。
很多历史学家没有提到申时行和扯力克之间的这段纠葛，更想不到他和下一个王朝的创业人还有过这一段因缘。在历史学家看来，申时行一生做官执政的最大功罪都应以万历年间的立储问题为始终。
多数文官对申时行深感不满。最初万历皇帝起下了废长立幼的念头，就已经是不德不义了。申时行身居首辅，他自应以去职力争，不得已就应当以生死力争。他是第一个可以在御前说话的人。如果采取了这样坚决的态度，即使因此而去职甚至牺牲，他的继任者也会不得不仿效他的做法，加上廷臣的舆论又是如此一致，皇帝就会被迫接受公议，以后的僵局也就不会发生了。
作这样评论的人完全忽略了申时行的性格和他的处世方针。正由于态度温和，申时行才获得皇帝的信任并建立了亲切的关系。多年来，这位首辅正是巧妙地利用这种关系，促使皇帝的一举一动接近于文官集团的期望。天子既要使用他人间的绝对权威而又不能掺进他个人的爱憎，这本来就不容易恰到好处，而要申时行采取硬性办法督促，事实上也是无法做到的。
指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无根据的。官方记录所载，还在常洵刚刚出生的时候，他就曾呈请皇帝早立常洛为太子。在问题刚刚露头的时候就以明确的方式提了出来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。
立储问题会成为万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预感。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文壁在御前接受了象征权力的“节”，在礼官乐师的簇拥之中向右顺门进发。主管的宦官在门口恭迎。他们两人以在严稳重的态度把“节”、金印以及制册交付给宦官，然后再由宦官捧入宫中授与贵妃本人。这一套安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼既由朝廷中最高的文武官员主持，则被封的郑氏已非仅闺房之宠幸而实为国家机构中的一个正式成员。连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那么来日她的儿子常洵可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。
但是万历皇帝却坚决地否认这种关系。他说册妃与立储是两不相干的事。申时行在册妃之日，曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜宠，秦台早得仙，今朝被李赋，参和《小星》篇。”他深感天子虽为天子，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系（详附录二），申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有肉的“人”，也有他理智和感情的交战。关于立储一事，申时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主意，他的皇上兼学生不是一个没有理智的人，假以时日，他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他